Madrasah Tsanawiyah adalah sebuah lembaga pendidikan formal, Seperti halnya Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Ponorogo yang lokasinya berada di Desa Ngunut, Kecamatan Babadan, Kabupaseo Ponorogo, Provinsi Jawa Timur. Tepatnya di Jalan Letjend 5 Sukowati 90 Ngunut Babadan Ponacogs Madrasah Tsanawiyah Negeri Ngunut Ponorogo berdiri pada tanggal 25 Oktober 1993 berdasarkan Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 244 tahun 1993

Adapun sejarah berdirinya Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Ponorogo adalah sebagai berikut

1. Sebelum tahun 1973 merupakan Sekolah Rakyat (SR)
2. Pada tahun 1973 menjadi PGA Pembangunan yang didirikan oleh Pemerintah Desa Ngunut
3. Kemudian berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Pembangunan yang didirikan oleh 3 orang yaitu Sumardi, Achmad Abid dan Irchamni pada tanggal 1 Desember 1978 dengan nomor pragam Madrasah Lm/3/30/B/1978 dan resmi dicatat olch notaris Kustini Sosrokusumo, S.H. dengan nomor 3 tanggal 23 April 1984
4. Pada tanggal 26 Pebruari 1986 menjadi kelas jauh (fillial) dari MTsNegeri Ponorogo dengan nomor SK 21/E/1986 sampai tahun 1992
5. Baru pada tanggal 25 Oktober 1993 menjadi MTs Negeri secara penuh melalui Keputusan Menteri Agama Republik Indonesia nomor 244 tahun 1993.
6. Selanjutnya sejak tahun 2017 MTsN Ngunut Ponorogo berubah nama menjadi MTs Negeri 3 Ponorogo

Awal berdirinya, Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Ponorogo bernama Madrasah Tsanawiyah Negeri Ngunut dari Filial Madrasah Negeri Ponorogo. Pada Tahun 1993 menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri secara penuh dengan Keputusan Menteri Agama Ri Nomor 244 Tahun 1993. Pada awal Tahun Ajaran Baru memperoleh 120 siswa. Lembaga ini berkembang dengan baik seiring membaiknya respon masyarakat

Dalam perkembanganya, madrasah ini mengalami kemajuan-kemajuan yang cukup pesat, baik dibidang Akademik maupun Non Akademik. Sejak menjadi Tsanawiyah Pembangunan jumlah siswa sudah mencapai 2 kelas, kemudian sampai mencapai puncaknya setelah statusnya menjadi Negeri sudah mencapai 6 kelas parallel. Untuk mencukupi ruangan terpaksa siswa belajar di rumah penduduk dan di gedung pertemuan Muhammadiyah Ngunut sejak tahun 1986 sd 1996.

Pada tahun 1995 mendapat bantuan tanah dan gedung dengan lokasi yang tidak jauh dari gedung lama. Akhirnya untuk efektifitas pembelajaran sejak tahun 1998 kami sepakat semua aktifitas difokuskan lokasi baru yang berjarak + 200 meter ke utara dari gedung lama.

Pada tahun 1995 mendapat bantuan tanah dan gedung dengan lokasi yang tidak jauh dari gedung lama. Akhirnya untuk efektifitas pembelajaran sejak tahun 1998 kami sepakat semua aktifitas difokuskan lokasi baru yang berjarak + 200 meter ke utara dari gedung lama

Seiring berjalannya waktu, sesuai dengan Keputusan Menteri Agama Nomor 670 Tahun 2016 tentang Perubahan Nama Madrasah, Madrasah Tsanawiyah Negeri Ngunut berubah menjadi Madrasah Tsanawiyah Negeri 3 Ponorogo.